在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACKRX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。...

士为找回失去的记忆而来到新的世界“士的世界”。在这个世界里，士等人来到了一座谜之西式大屋，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女·门矢小夜。负责照顾小夜的谜之男·月影告诉士等人这个世界已经开始出现毁灭的现象，要防止最恶劣的事态发生，必须决定一个最强的假面骑士，难道夏海梦见的骑士大战即将成为现实……？ 　　然而，于九死一生的骑士大战过后，大地上突然出现巨大的建筑物：大修卡的基地……...

　在一次战斗后，光太郎发现自己变回了BLACK，而且三神官也出现在自己的面前。原来，克莱西斯帝国为了消灭BLACK RX，便想办法让RX变回以前力量不怎么强大的BLACK，并借机消灭他。...