被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强...

　　在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。　　小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何...

　　小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。　　为了满足小美“想要妈妈...

　　持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库...

　　以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通...

双亲在事故中去世，因而住到奶奶的温泉旅馆“春之屋”的小学六年级女生·小织（关织子）。她一边接受幽灵小卖和竞争对手真月的帮助，一边为了招待接连光顾的奇怪客人们，而以“小女将”的身份每日奋斗中！...

天野景太（户松遥 配音）是一个平凡的11岁男孩，一天，因为放暑假而无所事事到处闲逛的景太在树下发现了一台破旧的扭蛋机，景太用身上唯一的一枚硬币扭了一个扭蛋，就这样，他和妖怪执事维斯帕（关智一 配音）相遇了。景太获得了能够看见妖怪形象，以及召唤妖怪来协助自己的超能力，与此同时，他也肩负起了收复恶灵的重任。　　个性活泼开朗，但却意外的毒舌的木灵文花（远藤绫 配音）、外表硕大样貌恐怖个性却很温柔的熊岛五...

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版...

ウェブコミック配信サイト「まんがライフWIN」で掲載された大川ぶくぶの4コマ漫画をアニメ化したTVスペシャル。背が低い14歳の女の子?ポプ子と、背が高い14歳の女の子?ピピ美が、シュールでカオスな日々を繰り広げる。...