“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 　　身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱...

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在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护， 　　被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中 　　和同伴一起也成长了很多。 　　因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。 　　新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。 　　一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。 　　另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失 　　被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪 　...