现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，　　企图从网络一侧控制人类的世界。...

　　某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得...

　　以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通...

故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。　　在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，　　小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!　　在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。...