少女沙织（柴崎幸 Kou Shibasaki饰）与母亲相依为命，父亲卑弥呼（田中泯 Min Tanaka饰）因为是一名同志而抛弃母女二人，离家多年。沙织一直生活在破碎的家庭阴影中，然而母亲也因癌症离她而去。一天，一位神秘男子春彦（小田切让 Jô Odagiri饰）找到沙织，告知她的父亲即将不久于人世，希望她能到老人院里当看护，陪卑弥呼走完最后的日子。沙织一直不肯原谅父亲，但是为了偿还母亲因病欠...

警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 　　翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真...