神城麻郁（浪川大辅 配音）从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。 　　某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈（中原麻衣 配音），他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的门...

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树...